富士第4代SUPER CCD SR II系统不仅仅是一种新的CCD，而且是经由完整的系统，包括CCD和新的大规模集成电路的考量，取而代之反映一种影像品质的全面改良，包含专位第4代SUPER CCD SR II全新开发的信号处理引擎，让RGB三原色以14Bit取样，让颜色更饱和，减少一般数字相机比须另外后制还增加饱和度，颜色也更为准确。
Finepix-S3 PRO 支持多种档案格式，包含 CCD-Raw file (输出16 bit/8 bit TIFF-RGB)、JPEG、RAW+JPEG，其中CCD-RAW可高达25MB，Finepix-S3 PRO提供USB 2.0与IEEE1394双接口，IEEE1394高速的传输速度高达400MB，解决高画质档案的传输问题，选购FUJIFILM FinePix-S2RPO遥控软件可透过IEEE1394接口直接遥控相机，或直接传输拍照影相至计算机做实时监控拍照，新版的FUJIFILM FinePix-S2RPO遥控软件加入了专为第4代SUPER CCD SR II开发的3D-LUT技术，让色彩真实呈现，影像细节更精细。
摄影机能设定选单相当齐全，使用者可以藉由参数自订的功能自行设定，可供变更的项目包括色彩(HIGH/ STD/ ORG/ B&W )、动态范围(WIDE : AUTO / WIDE 1/ WIDE 2STD)、色彩模型(RGB/ Adobe-RGB)、对比(HARD/ STD/ ORG)、锐利度(HARD/ STD/ OFF)、色彩饱和度(FILM SIMULATION F1/ F2/STD)等，可组成数十种组合。
可轻松对焦图像。作为决定一幅照片的关键因素，除了正确取景以外，还有正确的对焦。将繁杂的对焦操作留给相机处理，将注意力集中在取景器中的拍摄对象，专心等待按快门的最佳瞬间。为此，在FinePix S3 Pro中配置了高精度的5点AF功能。对焦区域中，设有不破坏取景构图、可进行正确对焦、能覆盖大面积范围的十字星。采用5点测距方式。当5点中的任一点捕捉到拍摄对象时，可在动态AF、利用中心一点进行对焦的单区域AF以及捕捉最近拍摄对象并对焦的最近优先AF之间直接切换。检测焦点的系统中，采用高速对焦和高精度的AF模块。照片对焦的检测范围为EV-1～19(ISO 100)(ISO 100)，可涵盖从低照明条件开始的宽广范围。另外，在特别暗的照明条件下，可自动发出AF辅助光，使得准确的对焦成为可能。
自定义模式是富士S3pro的一大特色，当把模式转盘转到CSM档时，相机的LCD显示屏上就出现了自定义菜单，该菜单总共有15项模式设置，可用前后两个主控拨轮来进行选择操作。下面画面是分别对应的各自定义功能设置画面。
可自主控制对焦的对焦锁定功能
在使用连续捕捉拍摄对象的连续AF伺服模式时，还备有可人为固定AF操作的对焦锁定功能。可有效应付拍摄对象的突然变化。通过自定义设置，可将AE-L/AF-L按钮变更为执行AF操作的按钮。当希望将快门释放按钮专用于释放快门，而单独执行AF对焦时，使用该功能比较有利。
活动图像功能
另外S3pro还提供了一项可被认为是数码单反中空前的功能--“活动图像”选项，通过该选项功能，S3pro就能实现LCD直接取景，这项功能对于普通民用消费机来说是必备的功能。
可确实地捕捉到不断移动的拍摄对象。提高了AF的跟踪性能，能有效跟踪持续移动的物体。利用先进的控制技术和运算处理实现的预测驱动对焦，根据测距获得的资料，预测释放快门时的焦点位置。这样可防止时间滞后导致的焦点偏差。可确保以准确的焦距捕捉图像。在S、C模式中都可自动发挥作用。
色彩模式
色彩模式方面，相机提供了sRGB和Adobe RGB两种色彩空间选项，其中Adobe RGB为用户提供了更广阔的色彩空间，不但照顾到影楼、摄影发烧友人士使用，也照顾到了专业的广告输出需要。
手动拍摄时自不待言，即使自动对焦拍摄时，通过取景器确认对焦也是必不可少的功能。装有可修正个人视力差异，使得任何人都可清晰看到取景器图像的屈光度调节功能。不仅可在-2.0～+0.8m-1的范围内进行调节，而且可使用尼康公司生产的目镜辅助镜头。清晰的视野使得通过取景器的确认操作变得异常轻松愉快，更有利于抓住难得的机会。
回放模式
除了常见的缩放显示、多画面显示外，S3pro还提供了曝光过渡反白显示、RGB色阶显示，其中RGB色阶除了能对画面整体色彩显示外，还能够对红、绿、蓝三元色作分别显示，对用户来说，无疑是提供了更专业的参考数据。
为了准确地捕捉光的变化，配有3维10区多重方式测光功能
光总是千变万化的，分顺光、逆光、半逆光等。为了解读光的信息，确保正确的曝光，在FinePix S3 Pro中配有3维10区多重方式测光(另需D型或G型尼科尔镜头)。测光用组件分布在画面中央和周围的5处以及与5点对焦相对应的5处，共提供10处独立的测光区域。考虑到各种拍摄条件，根据从实拍资料获得的数万种信息，高精度控制曝光量。可进行以取景器中央部分为重点的中央重点测光，或与所选择对焦区域联动、在画面中较小范围内测光。配有拍摄逆光或对比度强烈拍摄对象时非常方便的重点测光。根据光的具体状况，通过切换可实现准确的拍摄。
自动包围曝光功能
自动包围曝光功能，可连续拍摄3不同的曝光补偿值于±2/3、±1/3、±1阶于±2格的范围内，可适应各种正常测光环境。可调整曝光补偿，可由-2至+2EV以1/3为单位作调整。
+1EV 正常 -1EV
可轻松进行快照拍摄的程序AE
根据所安装镜头提供的信息。可自动判断最佳曝光组合。通过控制，可保证一直获得最佳曝光。装有通过旋转主命令转盘，不用改变曝光，即可改变快门速度和光圈值组合的程序切换功能。这样可轻易地反映拍摄者意图。
由于可在宽广的范围内设定ISO感光度
与银盐相机中为了根据拍摄者意图获得理想照片而采用不同感光度的胶卷一样，在FinePix S3 Pro中，包括ISO100模式在内，可在160、200、400乃至1600超高感光度等宽广的范围内自由设定感光度。即使在无法使用闪光灯的黑暗场所，也可顺利完成拍摄。
ISO100 ISO200 ISO400
ISO800 ISO1600