机身设计
S3pro采用尼康传统相机F80的机身为蓝本设计，新增加了宽厚的竖拍手柄。除了在竖构图时方便拍摄外，魁梧的身躯看上去也显得更加专业了，而这种连竖拍手柄一体式设计的数码单反以往就只有在佳能和柯达的专业级别产品中才会采用。
不过较为可惜的是S3pro的机身并非金属结构，而是采用塑料材质，使得相机的档次有所下降，幸好S3pro所采用的塑料并非普通民用相机的塑料材质，而是高强度的复合材料，根据官方资料显示，其坚固程度比原来尼康的F80要提高50%左右。尽管其耐用性能依然不能与金属材质相比，但在相机的重量方面也有其优势，S3pro的单机重量只有835克，相对其他同类型产品来说较为轻身。
快门与转轮
S3pro的电源开关和快门按键位于手柄的上方，电源开关采用拨杆式设计，相机开启的速度相当迅速，仅需要0.5秒时间。快门组件采用金属材质，坚固耐用，而且支持快门线，这对于专业摄影师来说，非常具有意义。另外值得一提的是S3pro的快门操作非常舒适，轻轻一按就能完成拍摄，而且发出的声享小而清脆，震动很轻微。
FUJIFILM Finepix-S3 PRO 承袭了Finepix-S2 PRO 的优良传统，机身依旧使用F80与F100的混合提，搭配全新开发的23.0 X 15.5mm大型的第四代SUPERCCD SR II感光组件，SR代表超高动态范围，该技术利用大小两块CCD分别记录画面和光线信息以达到超宽动态范围的画面表现，本技术对改善数字相机画面宽容度不足，局部画面容易过曝或者暗部细节不足问题有很大帮助。与FinePix-S20PRO Finepix F700 等一般消费机种使用的第四代SUPERCCD SR类似，分辨率高达一千二百万像素 (6.17 百万 S像素 + 6.17 百万 R像素=12.10万记录像素)，可依下列分辨率记录影像，4256X2848，3024X2016，2304X1536及1440X960像素。在每分辨率下有3种不同的压缩比供使用者选择(共12种组合)，CCD-RAW及JPEG。
SLR设计镜头可搭配NIKON F-MOUNT全系列，NIKKOR镜头为全世界摄影家一致认同的镜头，可外接高效能的Nikon镜头，包含Nikkor AF 、Nikkor AI-P 、Nikkor AF-VR等等连同其它品牌，超过六十余款镜头， 以NIKON F80为基础，有相当多的配件都可以与传统兼容，给专业的玩家更多选择。
镜头卡口与兼容性
镜头卡口方面，富士FinePix S3 Pro自然是采用了尼康的F卡口，可以兼容全系列的Nikkor镜头，其中D类AF Nikkor镜头是与S3 Pro配合得最好的镜头群，这类镜头的全部功能都可以在S3 Pro上正常使用。而对于非D类的AF Nikkor镜头，S3pro不能够支持他们的3D矩阵测光功能，其余功能则可运作正常。而对于手动Nikkor镜头，搭配上S3pro则不支持测光功能。另外，S3pro采用的超级CCD 影像传感器是APS尺寸，镜头焦距的换算比率为1.5倍。
取景器
S3pro的取景器为五棱镜光学取景器，水平覆盖范围约95％，垂直覆盖范围约93％，眼点距离为24mm。对于水平和垂直覆盖范围，S3pro的24mm眼点距离则是一个相当高的指标，让使用者在拍摄时的自由度更高。
2.0型多晶硅液晶显示屏
S3pro配有可当场确认由于采用高亮度多晶硅液晶，提高了在明亮环境下的清晰度。配有9画面预览功能，可当场删除不需要的图像。直方图显示是一种把握拍摄图像的曝光以及用显示屏难以确认的亮部/暗部状况时的便利功能。通过确认直方图分布，可实时把握图像的曝光或色彩分布的整体平衡。S3 Pro机身背面采用的是2.0英寸的大型LCD彩色液晶显示屏，这个液晶屏从S2 Pro时的11万像素一举提高到了23.5万像素，液晶显示屏的拍摄图像、两侧四角都可检查、具有100%视野率。显示效果大为提高，显示亮度高、色彩鲜艳，覆盖率视野率达100%，能够样你对所拍摄的画面进行即时观察。在LCD显示屏旁边是相机的十字方向键，该键位的周围都由精美的皮质包裹，起到很好的防滑的作用，在方向键的外圈还具有保护锁功能，可以防止误操作发生。
三显示屏设计
S3pro采用了三显示屏设计，机身顶部右侧的是显示拍摄参数的LCD液晶屏，用来显示光圈、快门速度、对焦点等多种拍摄参数，取景器下方的显示屏是多功能的图像参数快捷菜单，机顶显示屏采用绿色背景灯设计，多功能选择显示屏采用橙红色背景灯，两显示屏的背景灯通过同一按键控制，该按键就位于机顶显示屏的旁边，操作时比较方便，当按下该按键后，两个屏幕的背景灯就会同时开启，不能单独调节。
以上是拍摄时拍摄数据的显示信息
上四个选项分别对应的是：白平衡、图像压缩比、图像格式、色彩模式
上四个选项分别对应的是：动态范围、色彩倾向、图像影调以及锐化
上三个选项分别对应的是：对焦模式、参数菜单锁定、参数选项复位
以上四个选项是照片回放时的功能选择，分别对应的是：ＲＧＢ曲线显示、照片删除、照片保护、９画面回放
上是影象回放时，照片的白平衡、图像压缩比、图像格式、色彩模式显示信息
上是影象回放时，照片的动态范围、色彩倾向、图像影调以及锐化显示信息弹起式闪光灯
在机顶上，S3 Pro采用弹出式内置闪光灯，闪光指数在ISO 100时为12，覆盖范围为焦距28毫米，具有自动闪光、前廉同步、后廉同步和防红眼等闪光功能。闪光系统支持NIKON D-TTL闪光系统，最高闪光X同步速度为1/180秒，并且支持高速同步闪光。
模式转盘
机身顶部左侧是相机的模式转盘，该模式转盘为用户提供了M（手动模式）、A（光圈优先模式）、S（快门优先模式）、P（程序自动模式）等拍摄模式。在模式转盘下面还有一个功能拨杆，该拨杆可以控制单张连拍切换、定时拍摄、多重曝光等功能。
相机的输出端口集中在机身的左侧，他们分别是USB 2.0接口、IEEE 1394接口、PC数据同步接口、DC-IN电源接口、视频输出接口等，以及电池仓位。其中IEEE 1394接口具有高速的传输功能。
存储介质方面，FINEPIX S3 PRO支持xD卡、CF卡，并兼容微型硬盘。
电池
FINEPIX S3 PRO采用低电源消耗设计，只需四颗AA碱性电池，即可在屏幕关闭及开启相机，在屏幕关闭的情况下拍摄约430张影像。多种电源选择设计.可使用、镍氢充电电池 、碱性电池，在室内也可电源供应器，可以说是相当多元方便的设计。随机附上充电器与充电电池，使用充电电池兼具经济与环保，同时具有碱性电池替代的便利性。
