MK III也新增了CCD灰尘清理系统『EOS Integrated Cleaning System』。这个新系统主要是让（IR-CUT）红外线吸收滤镜透过超音波振动达到自我清涤的能力。这项功能早先已出现在 Olympus E 系列的单眼机身中。另一向改进则是快门原件应用了新开发的技术可达到30万次超耐久，新检知设计更进一步地提升了快门精度，最高速度1/8000秒、同步速度1/300秒，快门延时约55ms，起动时间大约在0.2秒。
新的 EOS 整合式感光组件除尘系统，同时在硬件＋软件上进行整合的处理步骤，最先运用的是 Canon 的 400D。
关于整合式感光组件除尘系统，请参考「佳能400D综合除尘系统详解」一文。
对于 EOS-1D Mark III 而言，设计重点如下：
a. 快门设计的改进，可以产生较少的尘点。
b. 机身盖设计的改进，可以产生较少的尘点。
c. Low-pass 滤镜，被设计成可以防止静电，避免尘点的附着。
d. 影像组件单元的自我清洁动作。
e. 尘点信息的纪录，可以让软件进行处理。
f. 手动清洁影像组件的作业仍然是可以进行的。
45 点对焦，19 点高精度十字对焦点，过去的 1V, 1D, 1Ds, 1D MKII, 1Ds MKII, 1D MKII N 都是使用 45 点对焦，不过，它们的高精度十字对焦点只有 7 个。而 EOS-1D Mark III 则有 19 点高精度十字对焦点, 及 26 个一般对焦点 。
