由于需要经常更换镜头，加上工作时是带电的，这使得DSLR的感光元件：CCD/CMOS非常容易吸附灰尘，严重影像画质，上官方清洁客服动辄数百元。而自己清洁虽然也不难，但数码相机终归是精密仪器，干得多了难说会有什么不良后果。过往只有奥林巴斯的E系统具有CCD自清洁功能，不过在佳能的“EOS 整合式清净系统”诞生之后，消费者又多了一个选择。
EOS 400D采用了佳能全新开发的EOS综合除尘系统，这是一套包括抑制灰尘产生、积淀和去除的全面的应对感应器灰尘的有效措施，EOS 400D也成为佳能EOS数码单反相机中第一款具备防尘功能的机型。
佳能这套“EOS 整合式清净系统”其实包括两部分内容：硬件方面的感光元件自我清理、软件方面的DPP 2.2 软件除尘。
感光元件自我清理
EOS 400D使用的是APS-C尺寸（22.2×14.8毫米）的CMOS图像感应器，镜头焦距转换系数是1.6倍，它的有效像素达到1010万，拍摄的照片最大分辨率为3888×2592像素，ISO感光度的设置范围由100至1600。这是佳能第一款突破千万像素的APS-C画幅单反数码相机。
最前面的就是用于除尘的特殊滤镜，中间是传统的低通滤镜，最后面的才是CMOS
有几点特别提出：
低通滤镜与CMOS之间是密封的，因此不用担心入尘问题；除尘用的超声波震动靠联接构件与压电元件产生，在低通滤镜表面产生的超声波可将粉尘抖落掉入收集元件内。
如果与索尼的CCD除尘比较，佳能这套“EOS 整合式清净系统”有很大优势，索尼是靠着原本的CCD防抖动机构的振动使灰尘，振动频率本身就不高，而且没有灰尘收集装置。而在佳能400D中，震落的粉尘会由收集元件收集，不太用担心会累积在快门室内。
如果这样的机制还无法对付黏度较高的灰尘，就只能按传统方法清洁CCD了，不过在这之前，我们可以用DPP 2.2软件将已经拍摄的照片上的尘点去除。
DPP2.2软件除尘
综合除尘的最后一个方式就是通过软件除尘，相机拍摄时会自动记录灰尘位置，通过后期软件可以自动减轻灰尘对照片的影响。