Fujifilm富士FinePix S3 Pro数码相机的最新版本是Firmware 2.12版（2005年3月6日发布）新版固件更新如下：
1.增加了PC控制功能。此功能需要安装Hyper-Utility HS-V2的3.1版本才能实现。
2.更新了自动旋转功能。
3.针对尼康AF-S与AF-VR镜头改善了相应的功能(FinePix S3 Pro使用尼康的镜头)。
4.改善了与高容量存储卡的兼容性。注意：如果固件升级失败，相机的某些操作就会失效，升级过程中请小心。升级过程中请使用AC电源适配器，或充满电的原配电池，并保证中途不能断电。整个过程大约需要2分钟。最后提醒您升级前请做好备份工作。
先下载升级软件 FUJIFILM FinePix S3 Pro Firmware Update Ver2.12，下载地址：http://www.cnphotos.net/book/
下载软件文档后解压缩至CF卡中
软件升级步骤：
一、按着BACK键不放，开启相机电源(确认相机之软件版本为Ver1.0)，将CF卡放入S3Pro后，接上AC变压器后，按着BACK键不放开机，按照画面指示操作即可。
二、请确认连接AC电源线后‚按OK，AC电源不论连接与否,均会出现上列画面。
三、使用左键选择OK， 按OK键
四、按OK键,开始执行软件升级
开始执行软件升级后 屏幕显示如下：
固件升级约2分钟，执行软件升级时切勿开启记忆卡槽外盖。
当出现上面画面则固件升级完成。
五、检查更新的固件版本，更新之后记忆卡需重新格式化,才能再拍相片 。